Fleming jatkoi tutkimuksiaan mm. koe-eläimillä ja arveli penisilliinistä ajan myötä kehittyvän hyvän lääkkeen myös ihmisten hoitamiseksi, mutta tyytyi toistaiseksi käyttämään sitä bakteerikasvustojen puhtaaksiviljelyssä laboratoriossaan. Penisilliini jäi unohduksiin lähes kymmeneksi vuodeksi.

Yksi syy siihen, että penisilliinin mahdollisuudet lääkkeenä eivät juurikaan kiinnostaneet lienee ollut lupaava sulfavalmiste Prontosil, joka tuli laajempaan käyttöön 1930-luvun puolivälissä. Prontosil oli kemoterapeuttinen aine eli kemiallisin menetelmin valmistettu lääkeaine, joka herätti suuria odotuksia koko kemoterapiaa kohtaan.

Flemingin penisilliiniin liittyvät havainnot liittyivät puolestaan pieneliöiden tuottamien aineiden kykyyn tuhota toisia pieneliöitä. Tällaisesta antibioosista oli kertynyt huomattava määrä havaintoja jo ennen Flemingin epäonnistunutta bakteeriviljelmää. 1800-luvun puolivälin paikkeilla oli havaittu, että jotkut bakteeri- ja virustaudit antoivat suojaa joitakin muita tartuntatauteja vastaan. Tästä ilmiötä oli tullut mielenkiinnon kohde eri puolilla Eurooppaa ja optimistisimmat tutkijat ajattelivat, että se saattaisi johtaa tulevaisuudessa jopa aivan uusiin hoitomenetelmiin.

1800-luvun lopulta lähtien monien tutkijoiden kiinnostus oli kohdistunut myös homesieniin, joiden ominaisuuksista tehtiin useita yksittäisiä tutkimuksia. Flemingin kiinnostus epäonnistuneeseen bakteeriviljelmään ei siis ollut vailla taustaa. Sen suhteen pitäneekin hyvin paikkansa se Louis Pasteurin lausumana tunnettu miete, että sattuma suosii, jos mieli on siihen valmis.